El Patronato es el órgano supremo de gobierno, administración y representación de la Fundación, y tiene a su cargo todas aquellas facultades de dirección y control en la gestión de la fundación que sean necesarias para la realización de los fines fundacionales. El Patronato está compuesto por seis miembros, siendo su Presidente el Alcalde D. Jon Insausti Maisterrena. Los otros Patronos están repartidos entre representantes del Ayuntamiento de San Sebastián y la Diputación Foral de Gipuzkoa, siendo estos D. Iñigo García Villanueva (vicepresidente), Dña. Idoia Gracia Monge, D. David de Miguel Les, D. Jon Markel Ormazabal Gaztañaga y Dña. Gloria Vázquez Herranz. Desde 2015 es colaborador permanente la Mancomunidad de Aguas del Añarbe. Los miembros del Patronato ejercen su cargo gratuitamente. 

La competencia del Patronato se extiende a todo lo que concierne al gobierno de la Fundación y son detalladas en los Estatutos de la Fundación, que puedes descargarte en el siguiente enlace: